特定ファイルのパーミッション変更方法

コンソールで作業する方法です。

chmodには -R というオプションがあるのですが、manを引いてみると「ディレクトリやそこに含まれるもののアクセス権を再帰的に変更する」とあります。
ディレクトリは変えて欲しくないので、このオプションは余り使い物になりません。

で、サブディレクトリ以下全ての特定ファイルのパーミッションを変更する方法です。

find . -name "*.cgi" -type f -exec chmod 755 \{\} \;

例では、cgi を 755 に変更しています。
お好みで修正して利用してください。